Более поздними исследованиями было показано, что, кроме сцепления, отклонения от менделевского наследования вызываются еще рядом причин, одной из которых являются эффекты, связанные с взаимодействием генов.
     Оказалось, что как аллельные, так и неаллельные гены способны взаимодействовать друг с другом, вызывая появление новых признаков.

                  Взаимодействие аллельных генов
   Неполное доминирование — явление, при котором доминантный ген не полностью подавляет работу рецессивного, в результате развивается промежуточный признак.
Примером может служить окраска цветка у растения ночная красавица с расщеплением по фенотипу в F2 1:2:1.
                                Р  красный цветок  (АА)  Х    белый цветок (аа)

                  F1
                фенотип: розовый цветок
                 генотип: Аа
                  гаметы:     А          А
                                        Х
                                  а          а

                      F2
                 фенотип:  1/4 красный цветок     2/4 розовый цветок    1/4 белый цветок
                  генотип:             АА                             Аа                           аа

    Множественный аллелизм — явление существования более двух альтернативных аллельных генов, имеющих различные проявления в фенотипе. Например, четыре группы крови у человека определяются сочетанием в генотипе аллелей А, В и О одного и того же гена I.

                  Взаимодействие неаллельных генов
    Комплементарное взаимодействие — (взаимодополнительное действие генов) — явление, когда признак развивается только при взаимном действии двух доминантных неаллельных генов, каждый из которых в отдельности не вызывает развитие признака.
    Комбинативное взаимодействие — явление, когда два неаллельных гена, взаимодействуя между собой обусловливают развитие нового признака, при этом каждый ген имеет собственное фенотипическое проявление. 
    Эпистаз — тип взаимодействия генов, при котором один ген подавляет действие другого (неаллельного) гена.
    Полимерия — явление, когда несколько неаллель-ных генов отвечают за сходное воздействие на развитие одного и того же признака. Чем больше таких генов присутствует в генотипе, тем ярче проявляется признак. Часто явление полимерии наблюдается при наследовании количественных признаков — удойность коров, яй-ценосность, вес тела и т. д.
    Плейотролия — множественное действие гена. В этом случае один ген отвечает за развитие нескольких признаков.